Mnichovský diktát povalil československé dělnictvo na lopatky, a už od prvního dne uskutečňování jeho obsahu bylo zřejmé, že světový mír nezachová. Již samotné vystěhovávání českého obyvatelstva ze Sudet bylo ve znamení naprosté anarchie, kdy za přihlížení západními spojenci bylo české obyvatelstvo šikanováno a lynčováno jak sudetoněmeckými jednotkami Freikorps, tak i neorganizovanými skupinkami místních výtržníků a výrostků. Po Češích opouštějících své domovy bylo mnohdy i stříleno, a speciální pozornost byla věnována všem, kteří by mohli být jen podezříváni ze sympatií ke komunismu. Být Čechem následně přestalo být ve všech Němci okupovaných oblastech legální. Český jazyk a symboly první republiky byly pod nejvyššími tresty zakázány. To se týkalo českých novin, politických stran, divadel a filmů, korespondence, a dokonce i užívání českého jazyka v běžné řeči bylo tvrdě perzekuováno.
Dění v nové a oslabené druhé republice tak nabralo rychlý spád. Souběžně s uskutečňováním Mnichovské dohody se o územní zisky v rámci bývalého Československa přihlásilo i Polsko s Maďarskem, přičemž Polsko si vynutilo zábor východní části Těšínska a Maďarsko následně po vzoru německých požadavků jižní část Slovenska, se silným zastoupením maďarské menšiny a rovněž část Podkarpatské Rusi. Prezident Beneš odstoupil a emigroval a Komunistická strana byla zakázána a přešla do ilegality. Druhá republika se uchýlila k bonapartistickému způsobu vládnutí pod vládní koalicí vedenou Beranovou Agrární stranou, která vytvořila Stranu národní jednoty a ve svém vládnutí se inspirovala prvky italského fašismu. Ve snaze zalíbit se Německu v zemi stále narůstal antisemitismus, posvěcený úřední mocí. Koncem listopadu se stal prezidentem Emil Hácha, který tak získal vládu v zemi, která se stále více stávala vazalem Německa. Mezitím probíhaly neustálé pohraniční přestřelky mezi příslušníky Stráže obrany státu (SOS) a Německou armádou se sudeťáky.
Konflikty se sudetskými a vnitrozemskými Němci v kombinaci s uměle vyvolanými národnostními třenicemi mezi Čechy a Slováky nakonec vyústili v definitivní obsazení druhé republiky vojáky Wehrmachtu. To probíhalo sice s tuhým odporem civilní veřejnosti, ovšem téměř bez odporu armády. Výjimkou se stal pouze hrdinný odpor Místeckých vojáků z Czajánkových kasáren, pod velením pozdějšího popraveného hrdiny odboje Karla Pavlíka. Vojáci se vzdali, až když jim došla při obraně kasáren munice. Prezident Hácha během okupace učinil vynucený projev, ve kterém předal „osud českého národa a země do rukou vůdce německé říše“, čímž poskytl Hitlerovi důkaz o nenásilnosti obsazení zbytku původního Československa na mezinárodním poli.
Pro komunisty znamenalo obsazení Československa Wehrmachtem prohloubení ilegality jejich práce. Okamžitě začala tzv. „Akce mříže“, kdy Gestapo po celé zemi podle předem připravených seznamů začalo se zatýkáním komunistů, anarchistů a židů. Celkový počet zatčených se během prvních dvou dní akce vyšplhal k sedmi tisícům. Obecně se rovněž šíří mýtus o tom, že komunisté se do odboje nezapojovali až do roku 1941, kdy byl napaden Sovětský svaz. Je sice pravdou, že po uzavření paktu „Ribentropp-Molotov“ jakožto dohody o neútočení mezi Německem a SSSR zněl rozkaz z Kominterny „Odeberte se k pasivitě“, ovšem tou dobou v zemi již zbyli zejména řadoví členové strany, zatímco její vedení ve většině emigrovalo do SSSR. Komunisté co v protektorátu zbyli, tento rozkaz odmítli slovy později nacisty zatčeného a popraveného Eduarda Urxe v říjnu 1939 na sovětském konzulátu v Praze. Komunisté již od počátku okupace tiskli noviny, a tvořili letáky, podzemní buňky a radiové skupiny. Za tuto svou činnost byli neustále zatýkáni a popravováni. Do začátku útoku na SSSR bylo jen v českých zemích zatčeno na 6000 komunistů, přičemž historik Waltr Wagner podle statistik Gestapa vypočítal, že za dobu trvání protektorátu byl počet zatčených komunistů na českém území stejný jako v celém zbytku německé říše. Komunistický odboj s blížícím se koncem války a zhoršováním životních podmínek obyvatelstva dále sílil. Původně špionážní a okrajově sabotážní charakter odboje se rychle přeměnil na charakter bojový. I přes pro partyzánský boj nevhodný terén počaly vznikat v oblasti protektorátu komunistické partyzánské brigády, přičemž největší tvořila Partyzánská brigáda Jana Žižky, které velel do své hrdinské smrti přesvědčený komunista Ján Ušiak a později Dajan Bajanovič Murzin. Pod jeho velením brigáda v oblasti Beskyd narostla až do počtu téměř 1500 bojovníků na konci války. Stejnojmennou partyzánskou brigádu tvořili čeští krajané v Jugoslávii, v oblasti Slavonie.
Životní podmínky českých pracujících za protektorátu byly tristní a s blížícím se koncem války zhoršující. Jak píše V. Buben v knize Šest let okupace Prahy –
„Rasová theorie nacistická vyzkoumala, že německý žaludek je veliký, český menší a židovský nejmenší.“
Takzvané rasově nevyhovující osoby, jako Židé a Romové, byly internovány v táborech jako Terezín nebo Lety a následně transportovány do vyhlazovacích táborů. Zavedený přídělový systém a pro Čechy nevýhodně nastavený kurz mezi markou a korunou způsobil, že suverénně nejlépe se na českém území žilo Němcům s nejbohatšími příděly, které ještě byly rozšiřovány o tzv. dotaci „Reichshilfe“. Po čas krize přebytečné zboží na českém trhu tak bylo Němci rychle a levně vykoupeno a zatímco Němky si tak mohly dovolit nosit nejluxusnější kabáty z kožešin, Češky neměly ani na obyčejný zimní kabát. Nedostatek zboží na trhu později šrouboval jeho cenu vysoko na trhu černém. Ten byl tvrdě postihován, předražený, ale životně důležitý, jelikož být odkázán pouze na příděly by pro českého dělníka znamenalo pomalé umírání hladem. Měsíční dělnický plat se k poměru k cenám postupně vyvinul na takovou úroveň, že nestačil ani na koupi dvou kilogramů vepřového masa. Venkov byl na tom oproti městům o něco lépe, jelikož byl potravinově soběstačnější, nicméně počet hospodářských zvířat byl přísně kontrolován, a bez povolení okupačních úřadů nebylo možné ani zabít a sníst vlastního králíka, zatímco hospodáři museli platit okupační správě odvody. České obyvatelstvo zároveň bylo nuceno nastupovat na nucené práce včetně žen, dětí a starců. Rovněž bylo mnoho lidí odvlečeno na práci do Říše. Odmítnout práci pro okupanty znamenalo být poslán do koncentračního tábora.
Během války rovněž začaly vznikat nové československé bojové oddíly. Mezi první patřila Československá legie v Polsku vzniknuvší z uprchlíků z nově vzniklého protektorátu, v čele s podplukovníkem Ludvíkem Svobodou. Ta se okrajově zapojila do obrany Polska před útokem německé a slovenské armády v září roku 1939. Došlo dokonce i k přímé konfrontaci pilotů slovenského štátu s protiletadlovou obranou Československých legií při náletu na polské pozice v oblasti Tarnopolu. Přes Polsko rovněž utíkali Čechoslováci do Británie, kde se jich asi 2500 přidalo k RAF, a další Čechoslováci se následně účastnili bitvy o Tobruk v severní Africe a u přístavu Dunkerque po vylodění spojeneckých vojsk v Normandii. Československé legie po porážce Polska v počtu asi 700 lidí byly nuceny uprchnout do Sovětského svazu, kde se komunisté v exilu zasadili o znovuzformování bojového útvaru v roce 1941. K němu se přidali krajané žijící v SSSR jakožto zejména volyňští Češi. Významným místem československých dějin se stalo cvičiště v Buzuluku na Uralu, kde se znovuobnovená československá bojová síla připravovala na své bitvy. Mužstvo se skládalo zejména z vojáků, kteří po mnichovské zradě pojali silnou nedůvěru k západním spojencům, a tak se v útvarech četně vyskytovaly sympatie ke komunismu. O vliv komunistů na 1. československý prapor, který postupně přerostl až v 1. Československý armádní sbor, byl ostatně sváděn neustálý souboj. Formálně útvar podléhal exilové vládě v Londýně, ovšem na schůzích k vojákům promlouval například Klement Gottwald z exilové KSČ. Českoslovenští vojáci se na východní frontě účastnili bitev u Sokolova, Kyjeva, Dukly a posléze se probíjely Slovenskem až na Moravu. Tato okolnost rovněž ovlivnila veřejné mínění osvobozeného obyvatelstva, předtím zrazeného západními mocnostmi, ve prospěch SSSR a KSČ.
